Die Schulkinder der Comenius-Schule werden im sogenannten „Blisse-Stift“, einem geräumigen vierstöckigen Gebäude mit großem Garten, das ca. zehn Minuten Fußweg von der Schule entfernt am Rande des Volksparks Wilmersdorf liegt, betreut.
Die 35 pädagogischen Mitarbeiter/innen, zumeist für die Betreuung von Integrationskindern (Schwerpunkt Autismus) ausgebildet, betreuen die Schulkinder in neun altersgemischten Gruppen, die über drei Etagen verteilt sind:
Dieser Standort für die Nachmittagsbetreuung wurde gewählt, um den besonderen Förderschwerpunkten der Comenius-Schule, "Autismus und Lernbehinderung", gerecht zu werden. Mehr Platz für die Kinder, Rückzugsmöglichkeiten und ein großer Garten gehören genauso dazu, wie die im Keller und Dachgeschoß befindlichen Bewegungs- und Ruheräume, Malatelier, Holz- und Töpferwerkstatt.
Entstanden ist der Villa Comenius e.V. im Jahr 2006 aus dem Zusammenschluss vier eigenständiger freier Träger der Jugendhilfe, die seit Jahrzehnten eng mit der Comenius-Schule verbunden waren und auf eine über 30-jährige Tradition als Elterninitiativ-Kindertagesstätten und Schülerläden zurückblicken konnten, mit dem pädagogischen Konzept der Schule bestens vertraut waren, sowie langjährige Erfahrungen in der integrativen Betreuung autistischer Schulkinder hatten.